在這里通常所說的熒光顯微鏡則是從光學(xué)顯微鏡的基礎(chǔ)上進(jìn)行發(fā)展而來的，與普通的光學(xué)顯微鏡的主要區(qū)別則就是熒光顯微鏡通常是使用超高的壓汞燈作為光源的。

這樣能夠提供帶有光照明并通過特殊的投射方式進(jìn)行照射到樣品標(biāo)本表面上，由于產(chǎn)生的熒光顯微鏡熒光是非常弱的，所以熒光顯微鏡物鏡就需要足夠大的數(shù)值孔徑。才能夠得到所有的熒光顯微鏡熒光，這就是說因此在使用熒光顯微鏡物鏡的數(shù)值孔徑大于普通的顯微鏡數(shù)值孔徑。在條件相同的情況下，熒光顯微鏡的分辨率則會高于光學(xué)顯微鏡，同時熒光顯微鏡上面有一個特殊的濾色系統(tǒng)，分別是激發(fā)濾色系統(tǒng)與熒光接收系統(tǒng)。